目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺y三酯法。該方法具有高效、快速的偶聯(lián)以及起始反應物比較穩(wěn)定的特點。主要是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成，由待合成引物的3'端向5'端合成延伸，相鄰的核苷酸通過3'→5'磷酸二酯鍵連接。
固相亞磷酰胺三酯法合成引物的具體步驟如下：
經過以上四個步驟，一個脫氧核苷酸就被連接到固相載體上。重復以上步驟，直到所有要求合成的堿基連接完成。合成過程中可以監(jiān)控脫下的保護基團DMT的顏色可以初步判定合成效率。
主要是合成過程中產生的少量失敗片段。
目前引物常用的純化方式有：C18脫鹽、RPC純化、ePAGE純化、PAGE純化、HPLC純化。
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